А в чем проблема? В том что в вебмастере пишет что 1000 страниц не в индексе т.к. "документ не является каноническим"? это не проблема, а нормальная работа rel=canonical ну можно закрыть в роботс регулярным выражением, хотя они и так должны нормально вылетать из индекса