Подскажите где создать карту сайта и когда это лучше делать в самом начале или когда основная масса контента уже на сайте ?
На своем сайте. Html и xml. Потом скармливаете xml Яндексу и Гугл. В любое время, карта должна автоматически обновляться при добавлении новых страниц.
модуль стандартный в престе делает вполне хорошую карту - садите на крон и добавляйте в вебмастеракабинеты и будет норм
Есть модуль Googlе sitemap (в стандартной поставке 1.6) - строит карту по вашим настройкам, одно НО - не делает это автоматически, но предоставляет ссылку, которую можно посавить в "крон" и дёргать раз в сутки для обновления карты.