Собственно в описании темы и вопрос, приходят счета в следующем порядке. То есть пропадает несколько счетов или один.
Они не пропадают, а попадают в потерянные заказы. Отфильтруйте заказы по статусу "потерянные" и увидите пропущенные номера. В потерянные попадают заказы, которые не были полностью оформлены.
Подскажите, на сайте получаются дубли таких заказов, то есть может быть два заказа от одного клиента, один в потерянных а другой в основных. Есть способ вообще избавится от потерянных заказов, что бы они не генерировались?
Иногда такое случается. Ну, нет ничего невозможного, если вы готовы глубоко поковыряться в коде оформления заказа (пожалуй, это одна из самых сложных частей ОК).