Есть сайт, в корне которого один движок, а в директории site.ru/shop стоит opencart. Задача перенести из директории shop магазин в корень, а движок из корня сайта удалить. Как это сделать не потеряв позиции? Я вижу это так: делаем зеркало магазина в корне сайта, создаем робот тхт в директории shop, ставим главное зеркало на корень сайта. Ну и делаем редирект. Я правильно мыслю?
Вы понимаете, что в глазах поисковиков корень сайта и /shop - это один и тот же сайт? Сайт не может быть зеркалом самого себя! Да и смысла в этом нет. Вам нужно просто перенести магазин в корень и поставить 301й редирект.