Нет, если было именно так, как здесь указано, то это и было правильно! Если, чтоб каноникал был с https вам пришлось везде в конфиге повписывать ссылки с https - это как раз неправильно и означает, что ваш SEO модуль не подозревает о существовании параметров HTTPS_SERVER и HTTPS_CATALOG. Поскольку ещё пару лет назад https было большой редкостью, многие авторы модулей принебрегали этим параметром, а некоторые и до сих пор так делают.
Да, да именно так и было (как я описал ранее). Я Вас понял, скорее всего проблема именно в этом (SEO модуль не подразумевает о наличии параметров HTTPS). Честно, я не думал подключать пока https, но прочел в очередной раз, о том что Гугль будет "относится" лучше к сайтам с https с 2017 года и решил подключить, а это привнесло ряд вопросов. Ну вроде как победил уже, благодаря Вашему форуму и Вам. За что, огромное, человеческое спасибо.